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Tom Morello nasceu em Harlem, Nova York, em 30 de maio de 1964, mas cresceu em Libertyville, Illinois. Sua mãe, Maria Morello, tem ascendência italiana e irlandesa, ela é fundadora, junto com o seu outro filho, Zach Mudie Morello, da fundação “Pais a Favor do Rock e Rap, uma organização contra censura na música. Seu pai, chamado Ngethe Njoroge, era um soldado que estava na batalha de Mau-Mau, que libertou o Kenya das ordens britânicas. A educação política, diz ele, “começou no primeiro minuto em que eu tinha pele marrom e fui para um jardim de infância inter-racial. ” Tom Morello sofreu vários incidente em sua infância, um deles foi em um jardim de infância em Libertyville, onde uma menina branca que sempre chamava ele de “nigger” e outros slogans racistas, embora ele não sabia o que ela queria dizer, quando chegou em sua casa ele perguntou a sua mãe o que significava aquelas palavras, ela lhe ensinou sobre Malcolm X, e conversou com ele sobre o racismo na América. No dia seguinte, a menina disse as mesmas coisas para ele, e ele respondeu: “Cale a boca Whitey! ” e deu um soco no rosto da garota.

Morello é famoso por seu estilo de tocar guitarra, que consiste de riffs de heavy metal, punk e sons inspirados pelo hip hop.